壳聚糖在酸性溶液中是不稳定的，会发生长链的部分水解，即糖苷键的断裂，形成各种相对分子质量大小不等的片段，严重水解时则糖苷键完全断裂，成为单糖-氨基葡萄糖。因此，早期的壳寡糖制备方法的研究，多采用酸水解方法，通过选择酸以及控制酸水解的过程，获得期望得到的分子量范围的壳寡糖。
        早在上个世纪五、六十年代，盐酸和硫酸就被用于壳聚糖的降解。Baker等早在1958年将壳聚糖溶解于盐酸溶液中，在100℃条件下反应，制备低聚壳聚。盐酸降解法工艺操作简单，但降解条件较难控制，操作环境污染严重，降解产品主要为单糖和双糖，活性较高的寡糖含量较低。鉴于强酸对壳聚糖的降解过于剧烈，有人提出用醋酸、亚硝酸及磷酸等较弱的酸对壳聚糖进行降解，但是该方法反应周期和控温比较麻烦，制备过程中污染也比较严重，且产率也不高。
        氧化降解法是近年来国内外研究比较多的壳聚糖降解方法。其中的H2O2氧化降解因成本低、降解速度快、产率高、对环境友好等优点而倍受关注。H2O2降解法得到的产物分子量与反应条件密切相关。升高温度和提高H2O2浓度即可缩短反应时间，又可以提高收率，但过高的温度和过高的H2O2浓度使水解反应过度，产物中单糖和二糖的比例较大，寡糖收率降低；反应体系的pH值因影响壳聚糖的溶解情况，从而影响反应速度。随着研究的深入，人们也发现了H2O2降解法存在的问题。其一是氨基的损失，温度升高或反应时间延长，都会引起氨基含量迅速下降，即壳寡糖的结构发生了改变。其二是降解过程后期的褐变，溶液颜色变深，影响产品品质。
        此外，人们也尝试用一些物理方法降解壳聚糖，如利用加热、加压、微波、超声、射线等物理方法，但这些物理方法降解效果差，很难得到聚合度为2-10的壳寡糖。
        生物降解法是指利用酶降解壳聚糖制备壳寡糖的方法。该方法自二十世纪八十年代出现以来，得到了广泛重视，国内外研究工作十分活跃，同化学降解法相比，具有明显的优势：一是反应条件温和，对设备要求不苛刻，二是降解过程及降解产物相对分子质量分布易于控制、壳寡糖得率高、不造成环境污染等；结合一些过程工程的技术，如固定化酶技术、超滤技术等，可以实现经济的大规模的壳寡糖连续生产，因此酶降解法制备壳寡糖是最有前途的方法。
        酶降解法有专一性酶降解法和非专一性酶降解法。专一性水解酶是利用以壳聚糖为专一性底物的酶，可以高选择性地切断壳聚糖的β-(1,4)-糖苷键，主要包括甲壳素酶、壳聚糖酶。专一性酶主要来源于细菌、真菌等微生物细胞，因来源有限，目前还不能大批量获取，价格昂贵，难以商品化，所以寻找用于降解壳聚糖的非专一性酶极为重要。目前已知能降解壳聚糖的非专一性酶有30多种，包括一些多糖酶、脂肪酶、蛋白酶、溶菌酶等，其中蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶和纤维素酶对壳聚糖的降解效果比较显著。
        除了在自然界中继续筛选产酶活性较高的微生物菌种外，人们还利用基因工程手段，通过对产壳聚糖酶菌株的基因分析，运用分子方法克隆并高效表达所选菌株的壳聚糖酶基因，以实现重组菌的壳聚糖酶高效表达。但这方面的工作依然处于实验室阶段，没有产业化方面的报道。
        不同分子量的壳寡糖，其生理活性差异很大。因此，壳寡糖产品质量的评价指标，除了常规的一些指标如水分、灰分、糖含量等指标外，还必须检测产品的分子量。该指标包含了两个含义：一是产品的平均分子量；二是产品中各聚合度寡糖的分布，即各聚合度寡糖的含量。通过该指标的检测，控制产品中有生理活性的壳寡糖的含量。产品中各聚合度寡糖含量的检测，常用的方法是高效液相色谱法或质谱法。