除了以上三种细胞，还有一类蛋白壳寡糖对其作用研究的也比较多，就是补体系统。它是由近40种蛋白质组成的一个复杂的限制性蛋白水解系统，根据功能不同主要分为四组: 补体系统的固有成分、激活因子、受体以及活性片段。补体系统的主要生理功能是促进吞噬细胞的吞噬功能和溶解靶细胞，因此是机体免疫防御机制的重要组成部分，对消除外来抗原的伤害、维护机体内环境的平衡具有重要作用。其主要功能如图所示：裂解功能，一部分补体能直接识别靶细胞并将其裂解；调理化，吞噬细胞上表达某些补体的受体，补体将入侵的细菌结合后形成调理化复合物，与吞噬细胞表面的补体受体结合并被识别以及吞噬；激活炎症反应，当组织中有异物侵染时，补体结合到血液中表达补体受体的白细胞上，介导白细胞穿越血管壁，到达异物入侵部位，发生炎症反应；清除免疫复合物，部分补体能识别机体内的抗原抗体复合物，并介导这些复合物到达表达补体受体的吞噬细胞，使之识别并被吞噬清除。                               
 
        研究证明壳寡糖处理血清能够激活补体，Suzuki等将人血浆与壳寡糖一起孵育20min后，检测到C3的活性随壳寡糖主链的长度增加而增加，壳寡糖增强了补体3的裂解能力及清除免疫复合物的能力，提高了机体的免疫防御功能。
        壳寡糖对整体动物免疫调节的功能影响研究发现，腹腔注射壳寡糖能增强巨噬细胞的吞噬能力、中性粒细胞黏附细菌的能力、B细胞血清溶血素的释放以及T细胞玫瑰花环的形成，不仅如此，壳寡糖还提高了免疫器官与身体的重量比，胸腺以及脾重都有显著升高，对急性变态反应有着很好的缓解作用，总的说来壳寡糖对机体的免疫处于一个正调节的状态，但是同时壳寡糖还对风湿性关节炎等一些自身免疫疾病有一定的疗效，这些免疫疾病的原因是因为自身免疫反应过度，对这种疾病壳寡糖又有一定的缓解作用。因此可以说壳寡糖是一种非常好的免疫调节剂。